Il Palazzo conserva prestigiosi affreschi testimonianza dei pittori manieristi che ci hanno lavorato nel tardo cinquecento (XVI secolo). Paesaggi bucolici, scene di caccia, scene di battaglia sono raffigurate nel piano nobile del palazzo, tra le altre la battaglia di Lepanto. Sono opere di artisti olandesi, di Antonio Tempesta, degli Zuccari.
In questo castello Caravaggio fu attivo e vi creò vari capolavori come La Maddalena ed I Discepoli di Emmaus. Il poeta Vittorio Alfieri recitò più volte le sue opere all’interno del teatro del Castello. Nel 1591 per ordine di papa Gregorio XIV vi si riunì, ospitata dal cardinale Marcantonio Colonna, una commissione composta dal card. Alano e da otto teologi, tra i quali il gesuita padre Roberto Bellarmino, per curare la revisione della Vulgata della Bibbia, che con i secoli aveva subito errori di trascrizione e tipografici. Papa Clemente VIII ne dispose la pubblicazione nel 1592. Un affresco all’interno del palazzo perpetua l’evento.