La Basilica di San Clemente è una delle più famose tra le chiese medievali di Roma, ed è sviluppata su tre livelli che si sono sovrapposti attraverso i secoli. Al livello superiore vi è la basilica medievale vera e propria, completata nel 1123. L’ingresso principale su Piazza San Clemente è inquadrato in uno splendido protiro del XII secolo e da una cornice marmorea dello stesso periodo. Si accede così ad un cortile interno, quadriportico con colonne ioniche e architravi, che precede la facciata settecentesca con un piccolo campanile. L’interno preserva ancora l’aspetto medievale, nonostante diversi rimaneggiamenti nei secoli successivi. È suddiviso in tre navate, ciascuna terminante con un abside. Le colonne antiche, di varia provenienza, hanno capitelli ionici in stucco (rifatti), il pavimento è un bell’esemplare cosmatesco; nel mezzo della navata la schola cantorum, del XII secolo, ma che reimpiega diversi frammenti provenienti dalla chiesa inferiore, così come riutilizzata è la cattedra episcopale. Nell’abside centrale è conservato il meraviglioso mosaico, raffigurante il Cristo crocifisso tra la vergine e S. Giovanni Evangelista. Dalla sagrestia si accede alla basilica paleocristiana inferiore, costruita alla fine del IV secolo; essa presenta tre navate, divisa da colonne, ed è preceduta da un nartece; per tutto l’alto medioevo fu una delle più importanti di Roma, arricchita da affreschi e arredi vari. Questa basilica venne gravemente danneggiata durante il sacco dei Normanni di Roberto il Guiscardo, nel 1084, e, dopo un breve tentativo di ripristino di cui testimoniano alcuni affreschi, venne abbandonata e interrata per costruirvi sopra la nuova basilica. Al terzo livello, infine, si conservano resti di edifici pubblici e privati, separati da un vicolo, ora coperto, databili al I e II secolo d.C.; nell’edificio privato nel III secolo fu realizzato un mitreo, rapidamente trasformato in luogo di culto della venerata memoria di S. Clemente, terzo pontefice dopo S. Pietro, martire sotto Traiano.