Primo nucleo dei Musei Vaticani fu la raccolta di sculture formata da Giulio II (1503-1513) ed esposta nel cosiddetto “Cortile delle Statue “, oggi Cortile Ottagono. I papi furono tra i primi sovrani che misero a disposizione della cultura e del pubblico le raccolte d’arte del loro palazzo. Nella loro forma di raccolte artistiche ordinate in appositi edifici accessibili al pubblico, i Musei e le Gallerie Pontificie hanno origine da Clemente XIV (1769-1774) e Pio VI (1775-1799) e perciò la parte allestita sotto questi due papi prese il nome di Museo Pio-Clementino. Pio VII (1800-1823) ampliò notevolmente le raccolte di Antichità Classiche, aggiungendovi il Museo Chiaramonti e il Braccio Nuovo e arricchì notevolmente la Raccolta Epigrafica ospitata nella Galleria Lapidaria.

Gregorio XVI (1831-1846) fondò il Museo Etrusco (1837) con i reperti provenienti dagli scavi dell’Etruria meridionale eseguiti dal 1828 in poi, il Museo Egizio (1839) con i monumenti egiziani provenienti da esplorazioni fatte in Egitto e con quelli che si trovavano già in Vaticano e nel Museo Capitolino, il Museo Profano Lateranense (1844), con statue, bassorilievi, mosaici di età romana che non potevano trovar posto nei Palazzi Vaticani. Al Museo Profano Lateranense, Pio IX (1846-1878) aggiunse nel 1854 il Museo Cristiano, comprendente sculture cristiane antiche, specialmente sarcofagi, e iscrizioni. Sotto il pontificato di San Pio X (1903-1914), nel 1910, venne aggiunto il Lapidario Ebraico: una sezione contenente 137 iscrizioni di antichi cimiteri ebraici di Roma, in gran parte del cimitero sulla via Portuense, donate dai proprietari del fondo, marchesi Pellegrini-Quarantotti. Queste ultime raccolte (Museo Gregoriano Profano, Museo Pio Cristiano e Lapidario Ebraico) sono state trasportate, per volere di Giovanni XXIII (1958-1963), dal Palazzo Lateranense ad un nuovo edificio appositamente eretto in Vaticano; nel 1970 sono state riaperte al pubblico.

Fanno parte inoltre dei Musei: la Galleria degli Arazzi, con una raccolta di arazzi di diverse manifatture dei sec. XVI e XVII; la Galleria delle Carte Geografiche, decorata da Gregorio XIII (1572-1585) e restaurata da Urbano VIII (1623-1644); le sale Sobieski e dell’Immacolata Concezione; le Stanze e la loggia di Raffaello, fatte decorare da Giulio II e Leone X (1513-1521); la Cappella del Beato Angelico, dipinta sotto il pontificato di Nicolò V (1447-1455); la Cappella Sistina, che prende il nome dal suo fondatore Sisto IV (1471-1484); l’Appartamento Borgia, già abitazione di Alessandro VI (1492-1503); la Pinacoteca Vaticana, collocata da Pio XI (1922-1932) nel 1932 in un apposito edificio presso il nuovo ingresso dei Musei; il Museo Missionario-Etnologico fondato da Pio XI nel 1926, ordinato nei piani superiori del Palazzo Lateranense, e successivamente trasportato anch’esso, per volere di Giovanni XXIII, in Vaticano, dove è stato riaperto al pubblico nello stesso edificio che accoglie le collezioni ex-Lateranensi. Nel 1973 fu aggiunta la Collezione di Arte Religiosa Moderna e Contemporanea, inaugurata da Paolo VI (1963-1978) nell’Appartamento Borgia. Il Museo Storico, fondato anch’esso nel 1973, trasferito nel 1987 nell’Appartamento Papale del Palazzo Lateranense, raccoglie una serie iconografica dei Papi, nonché cimeli dei Corpi Militari Pontifici e della Cappella e Famiglia Pontificia, anche per le cariche ora soppresse; infine, una documentazione del cerimoniale non più in uso. In Vaticano è rimasta la sezione delle carrozze e automobili papali. Dall’inizio del 2000 i Musei Vaticani accolgono i visitatori con un nuovo spazioso ingresso dove trovano posto i servizi di accoglienza, arricchito da diverse opere d’arte due delle quali realizzate appositamente.

Musei e Collezioni
Museo Gregoriano Egizio
Museo Gregoriano Etrusco
Antiquarium romanum
Collezione di vasi
Musei di Antichità Classiche
Museo Pio-Clementino
Museo Chiaramonti
Braccio Nuovo
Museo Gregoriano Profano
Museo Pio Cristiano (con i Lapidari Cristiano ed Ebraico)
Pinacoteca
Arazzi
Ceramica (Sec.IX – XVIII)
Mosaici minuti
Collezione Arte Religiosa Moderna
Museo Missionario-Etnologico
Museo Sacro
Museo Storico Vaticano (Palazzo Apostolico Lateranense)
Palazzi Vaticani (luoghi inclusi nella visita dei Musei Vaticani)
Palazzetto del Belvedere (Museo Pio-Clementino)
Gallerie superiori (Sala della Biga, Gallerie dei Candelabri, Arazzi, Carte Geografiche)
Appartamento di S. Pio V
Sala delle Dame
Sala dell’Immacolata
Stanze di Raffaello
Sala dei Chiaroscuri
Cappella Niccolina
Cappella di Urbano VIII
Cappella Sistina
Appartamento Borgia
Salone Sistino
Sala delle Nozze Aldobrandine
Gallerie inferiori (Urbano VIII, Alessandrina, Clementina)